Schrödinger | Opteron-Prozessoren

Im Cluster Schrödinger III befinden sich 4 Knoten mit je zwei Prozessoren des Typs AMD Opteron 246 mit 2GHz Taktfrequenz.

Die Namen der vier Knoten lauten opt001, opt002, opt003 und opt004. Im Batchsystem SGE wurde eine Queue opteron definiert, in der Paralleljobs mit maximal 4 Prozessoren (2 Knoten) gerechnet werden können.

#$ -l opteron

Das CPU-Zeit-Limit in dieser Klasse beträgt derzeit vier Stunden pro Prozessor.

Compiler

Auf den Opterons sind folgende Compiler verfügbar:

pgc	PortlandGroup C Compiler
pgf77	PortlandGroup Fortran 77 Compiler
pgf90	PortlandGroup Fortran 90 Compiler
gcc	GNU C Compiler Collection
g77	GNU Fortran 77 Compiler

Die Compiler sind auf dem Knoten opt001 installiert; Zugang zu diesem Knoten ist vom Login-Server schroedinger.univie.ac.at aus mittels Secure Shell möglich.

Vorkompilierte Binaries sollten auch auf den neuen Knoten laufen; der PortlandGroup-Compiler ist allerdings der einzige, der zur Zeit die 64bit-Fähigkeiten des Opteron-Prozessors unterstützt. Daher wird empfohlen, alle Programme neu zu kompilieren: Es ist mit erheblichen Performance-Gewinnen zu rechnen.

Parallel Environments

Folgende Parallel Environments sind in der Queue opteron verfügbar:

#$ -pe lam-opt12
#$ -pe lam-opt34
#$ -pe simple-opt12
#$ -pe simple-opt34
#$ -pe serial

Es sind jeweils opt001 mit opt002 und opt003 mit opt004 direkt verbunden; Parallelrechnen über alle vier Knoten ist zur Zeit nicht möglich.

Bitte setzen Sie in Ihrer .bashrc die Environment-Variable LAMHOME auf /opt/libs/lam-7.0.3-x64-pgi51-gcc-90.

Auszug aus einer .bashrc:

case "$(arch)" in
  x86_64) LAMHOME=/opt/libs/lam-7.0.3-x64-pgi51-gcc-90 ;;
  i?86) LAMHOME=/opt/libs/Ihr_bisher_verwendetes ;;
  *) LAMHOME=/unsupported_architecture ;;
esac
export MPI="$LAMHOME"
PATH="$MPI/bin:$PATH"
LD_LIBRARY_PATH="$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
export PATH LD_LIBRARY_PATH