Die richtige Präparation der Objekte ist ebenso ausschlaggebend für die Qualität der Ergebnisse wie das Mikroskop selbst.

Lebendpräparat – Dauerpräparat
Ob ein Präparat im lebenden Zustand oder fixiert mikroskopiert wird hängt oftmals von der Fragestellung ab oder davon, ob man das Präparat für längere Zeit aufbewahren möchte.

Zerkleineren

Kleine und dünne Präparate können meist als Ganzes mikroskopiert werden. Bei großen oder dicken Präparaten ist es notwendig das Präparat zu zerteilen oder Schnitte anzufertigen, um das Präparat im Mikroskop betrachten und auch die inneren Strukturen analysieren zu können.

Fixieren und Einbetten

Für besonders dünne Schnitte oder für die Anfertigung von Dauerpräparaten müssen die Objekte fixiert werden.