Um möglichst nur die gesuchte Struktur anzuregen, verwendet man als Anregungslicht nur jenen Wellenlängenbereich, der dafür notwendig ist. Die gewünschte Farbe (UV, blau, grün, gelb, rot) wird durch Lichtfilter oder Prismen vom Licht der Lichtquelle herausgefiltert. Dieser Filter wird daher als Anregungsfilter oder Excitation Filter bezeichnet.
Jedoch entsteht auch bei Anregung mit einem sehr engen Wellenlängenbereich Fluoreszenz in mehreren Farben, außerdem wird auch nicht das gesamte Anregungslicht vom Präparat absorbiert und würde so auch die Fluoreszenz stören.
Um nur das gewünschte Fluoreszenzlicht zu erhalten wird das gesamte Licht nach dem Objektiv nochmals gefiltert. Dieser Sperrfilter oder Barrier-Filter lässt nur Licht der gesuchten Fluoreszenz- Wellenlänge passieren.
Welche Anregungs- und Emissionswellenlängen bei den Filtern gewählt werden, hängt vom verwendeten Fluoreszenzfarbstoff und der Autofluoreszenz des Objektes ab.
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