In der Konfokal-Mikroskopie sind zwei grundsätzliche Systeme zu unterschieden:
Bei allen Konfokal-Mikroskopen befindet sich vor dem Detektor, in der hinteren Brennebene, eine zusätzliche Blende, das „Pinhole“.
Dieses Pinhole blendet das Out of Focus – Licht, das ober- und unterhalb der Focusebene entsteht, aus. Durch diese Anordnung kann nur Licht aus der Focusebene den Detektor erreichen.
Durch die massive Reduktion von Streulicht wird eine sehr gute Auflösung auch auf der Z-Achse erreicht, dies ermöglicht die Durchführung von optischen Schnitten sowie eine 3D-Rekonstruktion des Objektes.
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