Analoge Fotografie wird in der Mikrofotografie heute kaum noch verwendet. Grund dafür sind einerseits die doch sehr hohen Kosten für Filme, Fotopapier und Entwicklung, andererseits sind die aufgenommenen analogen Bilder nicht sofort verfügbar. Zudem müssen sie für die Verwendung in digitalen Medien (Präsentationen, Artikel, ...) erst eingescannt werden.
Durch die Verwendung von sehr lichtempfindlichen Filmen ist auch die Aufnahme von sehr lichtschwachen Strukturen (Fluoreszenzen) möglich.
Für spezielle Anwendungen können auch größere Filmformate wie Mittelformat oder Planfilm verwendet werden.
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