Vor allem die Verwendung von digitalen Mikroskop-Kameras mit Steuerung über Computer und spezielle Software Programme ist sehr benutzerfreundlich und komfortabel.

Allerdings ist bei den meisten digitalen Mikroskopkameras die Farbwiedergabe nicht ganz naturgetreu und die Lichtempfindlichkeit vor allem in der Fluoreszenzmikroskopie zu gering.

Bei anspruchsvolleren Mikroskop-Kameras kann die Lichtsensitivität des Aufnahmechips durch Binning (Zusammenrechnen mehrerer Pixel zu einem) erhöht werden. In diesem lichtsensitiven Modus erhält man allerdings nur schwarz/weiß Bilder. Um Farbbilder aufzeichnen zu können sind grüne, blaue und rote Sensorpixel notwendig, diese Farbinformation geht allerdings beim Zusammenrechnen der Pixel verloren. Je nach Anzahl der vereinigten Pixel reduziert sich auch die Auflösung des Chips.