Die ÖGA2 hat zur Verfolgung ihrer vorrangigen Ziele folgende Arbeitsgruppen eingesetzt:

• Europäische Südsternwarte ESO
  Ein Hauptziel der österreichischen Astronomie und Astrophysik ist der rasche Beitritt zum European Southern Observatory (ESO). Der damit gesicherte Zugang zu modernsten Großteleskopen bringt eine notwendige Stärkung der österreichischen Astronomie, sichert den Anschluss an die internationale Spitzenforschung und ist Voraussetzung für die optimale Nutzung von Weltraumteleskopen. Entwicklung, Bau und Betrieb astronomischer Teleskope und Instrumente bedingen ein breites Spektrum an Aufträgen für die Wirtschaft.

• Öffentlichkeit und Dokumentation
  Die ÖGA2 betreibt als gesamtösterreichischer Ansprechpartner für astronomische und astrophysikalische Belange eine aktive Informationspolitik, vermittelt interessierte Personen oder Institutionen an die jeweils kompetenten Gesprächspartner und beteiligt sich an überregionalen astronomischen Initiativen.

• Nachwuchsförderung
  Die Prämierung besonders begabter Studierender durch einen Diplomarbeitspreis und die Förderung der Mobilität ist Kernaufgabe dieser ÖGA2- Gruppe. Astronomie ist eine der attraktivsten naturwissenschaftlichen Disziplinen. Deswegen wird vermehrt an Angeboten für den Schulbereich, wie der Unterstützung von Fachbereichsarbeiten und Lehrerfortbildung, gearbeitet.

• Lichtverschmutzung
  Die künstliche Himmelsaufhellung beeinträchtigt zusehends die Beobachtungsmöglichkeiten der Berufs- und der Freizeitastronomen. Da dieses Problem zusätzlich kulturelle, ökonomische und ökologische Aspekte hat, wird es von der ÖGA2 in interdisziplinärer Zusammenarbeit behandelt. 

• Jahr der Astronomie 2009
  Diese Arbeitsgruppe wurde 2007 eingerichtet, um die österreichischen Aktivitäten zum Internationalen Jahr der Astronomie 2009 zu koordinieren.

• Pseudowissenschaften
  Ziel ist die Aufdeckung und Aufklärung von Schwachstellen, Fehlern und Irrtümern pseudo-astronomischer Behauptungen, Überlieferungen und Methoden.