Clemens Freiherr von Pirquet wurde am 12. Mai 1874 in Hirschstetten nahe bei Wien geboren. Nach Ablegung der Reifeprüfung im Wiener Theresianum 1892 begann er ein Studium der Theologie in Innsbruck und ging nach einem Jahr als Hörer an die philosophische Fakultät in Löwen. 1895 begann er in Wien ein Medizinstudium, das er in Königsberg und Graz fortsetzte, wo er 1900 promovierte.

Bereits in Königsberg begann er mit ersten wissenschaftlichen Arbeiten und verbrachte nach der Promotion fast ein Jahr in Jena, um bei Otto Heubner eine pädiatrische Ausbildung zu absolvieren. Nach seiner Rückkehr nach Wien fand er im St. Anna-Kinderspital unter der Leitung von Theodor Escherich eine Arbeitsstätte, wo ihm Möglichkeiten für seine Forschungsarbeit geboten wurden. Bereits 1903 ließ er mit seinem Vortrag "Zur Theorie der Vakzination" in der "Deutschen Gesellschaft für Kinderheilkunde" in Kassel aufhorchen. Er verfolgte seine darin angesprochenen Thesen gemeinsam mit seinem Kollegen Bela Schick weiter und publizierte 1905 die Arbeit "Die Serumkrankheit". Er vertiefte sich mehr und mehr in diesen Forschungsbereich und prägte den Begriff der Allergie.

1908 wurde er Dozent und erhielt bald danach ein Angebot an das Pasteur-Institut in Paris und den Ruf nach Baltimore an die John Hopkins-Universität, wo er als erster den Lehrstuhl für Kinderheilkunde einnehmen sollte. Er entschied sich für Baltimore, kehrte aber nach einem Jahr wieder nach Europa zurück, um in Breslau die Nachfolge von Adalbert Czerny anzutreten. Auch dort blieb er nicht lange, denn im Februar 1911 starb in Wien Theodor Escherich, der Vorstand der Universitäts-Kinderklinik. Clemens Freiherr von Pirquet nahm das Angebot an, die Stelle Escherichs einzunehmen und kehrte nach Wien zurück, wo er Vorstand der neuen Universitäts-Kinderklinik im Allgemeinen Krankenhaus wurde. Neben den organisatorischen Belangen innerhalb des Klinikbetriebes widmete sich Pirquet neben seiner bisherigen Erforschung der Infektionskrankheiten vor allem der Ernährungslehre. Er entwickelte ein eigenes Ernährungssystem, das sogenannte "NEM-System" (Nähreinheit Milch).

In seiner letzten Schaffensperiode widmete sich Pirquet vor allem der mathematischen und geographischen Darstellung seiner Arbeit über die "Allgerie der Lebensalter".

Clemens Freiherr von Pirquet schied am 28. Februar 1929 gemeinsam mit seiner Frau freiwillig aus dem Leben.

Die wissenschaftliche Leistung von Pirquet war nicht nur zu seiner Zeit herausragend. Es gelang ihm, auf dem Gebiet der Erforschung von Infektionskrankheiten einige bedeutende Erfolge zu erzielen, die manchmal vorhandene Lehrmeinungen revidierten oder in einem anderen Licht erscheinen ließen. Er legte damit den Grundstein zu weiterführenden Forschungsarbeiten und ist vor allem als Begründer der Allergielehre in die Medizingeschichte eingegangen. Die Bedeutung seiner Arbeit zieht sich bis in die Gegenwart. Trotzdem wurde Clemens von Pirquet nicht in dem Ausmaß gewürdigt, wie es anderen Wissenschaftern seiner Größe zuteil wurde. Doch nicht nur auf wissenschaftlichem Gebiet leistete Pirquet hervorragendes. Er war in verschiedenen Ämtern auch in humanitären Bereichen äußerst erfolgreich, wie beispielsweise die Organisation der Kinderausspeisung gemeinsam mit dem amerikanischen Kinderhilfswerk nach dem Krieg zeigt. Mit diesem interdisziplinären Projekt soll nun versucht werden, sowohl dem Menschen, als auch dem Wissenschafter Pirquet gerecht zu werden.